انجمن اتیسم ایران، در راستای تحقق اهداف خود و همچنین ارتقاء سطح دانش، و انجام مداخلات به صورت حرفه ای، علمی و تخصصی، در قالب طرح های پژوهشی و پایان نامه‌های مقاطع مختلف تحصیلی از سال ۹۴ فعالیت‌های پژوهشی خود را زیرنظر شورای علمی که متشکل از متخصصان حوزه‌ی اتیسم می‌باشد، شروع کرده است.
از مجموع ۶۵طرح تحقیقاتی که از ۲۳ دانشگاه، مرکز تحقیقاتی و علمی در ۳۰ حوزه‌ی علمی که به صورت مستقیم و غیرمستقیم با اختلال طیف اتیسم ارتباط داشته و به انجمن اتیسم ایران ارسال گردیده اند، با نظر شورای علمی ۲۲ طرح و پایان نامه در انجمن اجرا شده است. که نتایج علمی آنها در قالب پایان نامه های علمی در همایش های داخلی و بین المللی و مجلات علمی پژوهشی داخلی و خارجی به چاپ رسیده است.