آکادمی اتیسم واحد آموزشی، توان‌بخشی و پژوهشی انجمن اتیسم ایران است. نخستین بخش از اقدامات این واحد مربوط به ارائۀ خدمات آموزش‌محور در حوزۀ اختلال طیف اتیسم است که با تأیید شورای علمی انجمن انجام می‌گیرد. بخشی از این خدمات نیز تحت نظارت سازمان بهداشت جهانی (WHO) و مطابق استانداردهای این سازمان طراحی و اجرا می‌گردد. از فعالیت‌های بخش آموزش آکادمی اتیسم می‌توان به برگزاری کارگاه‌ها و دوره‌های توانمندسازی برای والدین، کارشناسان و درمانگران علاقمند به این حوزه و تهیه و تالیف فصلنامه‌ها و کتابچه‌های  آموزشی و مهارتی رایگان اشاره کرد. خدمات تخصصی بخش کلینیک توان‌بخشی آکادمی اتیسم به‌صورت حضوری و آنلاین به مراجعان تهران و سایر شهرها ارائه می‌شود. خدمات توان‌بخشی شامل رفتاردرمانی، گفتاردرمانی، بازی‌درمانی گروهی و کاردرمانی حسی-حرکتی و شناختی است که در کنار ارزیابی و تشخیص، روان‌درمانی و مددکاری توسط متخصصان و مربیان آموزش‌دیده به اجرا در می‌آیند. علاوه‌بر دو بخش آموزشی و توان‌بخشی، بخش پژوهش آکادمی اتیسم ایران در پیش‌برد طرح‌های تحقیقاتی حیطۀ اتیسم با پژوهشگران همکاری می‌نماید.