یکی از اصلی‌ترین و حادترین مشکلات کودکان اتیسم اختلال پردازش حسی است. اصطلاح پردازش حسی به این معنی است که چگونه فرد آنچه را که می‌بیند، می‌شنود و احساس می‌کند را پردازش کرده و پاسخ مناسب ارائه می‌دهد. اختلال در دریافت، درک و تفسیر و پاسخ به حواس مختلف باعث ایجاد مشکلاتی می‌شود که بر مهارت‌های زندگی و رفتار فرد تأثیر خواهد گذاشت. کودکان مبتلا به نقص پردازش حسی ممکن است در مهارت‌های حرکتی، تعادل و هماهنگی چشم و دست مشکل داشته باشند. برخی از کودکان با اختلال اتیسم به دنبال راه‌هایی برای جستجوی برخی احساسات و انجام رفتارهای خودتحریکی (مانند تکان دادن به جلو و عقب، کوبیدن سر و کاوش دهانی اشیاء غیرقابل‌خوردن) هستند.